The number of international benchmarking competitions is steadily increasing in various fields of machine learning (ML) research and practice. So far, however, little is known about the common practice as well as bottlenecks faced by the community in tackling the research questions posed. To shed light on the status quo of algorithm development in the specific field of biomedical imaging analysis, we designed an international survey that was issued to all participants of challenges conducted in conjunction with the IEEE ISBI 2021 and MICCAI 2021 conferences (80 competitions in total). The survey covered participants' expertise and working environments, their chosen strategies, as well as algorithm characteristics. A median of 72% challenge participants took part in the survey. According to our results, knowledge exchange was the primary incentive (70%) for participation, while the reception of prize money played only a minor role (16%). While a median of 80 working hours was spent on method development, a large portion of participants stated that they did not have enough time for method development (32%). 25% perceived the infrastructure to be a bottleneck. Overall, 94% of all solutions were deep learning-based. Of these, 84% were based on standard architectures. 43% of the respondents reported that the data samples (e.g., images) were too large to be processed at once. This was most commonly addressed by patch-based training (69%), downsampling (37%), and solving 3D analysis tasks as a series of 2D tasks. K-fold cross-validation on the training set was performed by only 37% of the participants and only 50% of the participants performed ensembling based on multiple identical models (61%) or heterogeneous models (39%). 48% of the respondents applied postprocessing steps.

光环伴形培养基中的离子气体通过热阳光阳光层（TSZ）效应在宇宙微波背景上留下烙印。来自活性银河核（AGN）和超新星的反馈会影响晕孔集成TSZ通量的测量（$ y_ \ mathrm {sz} $），并导致其与光晕质量的关系（$ y_ \ mathrm {sz} -mm $ ）偏离病毒定理的自相似幂律预测。我们对使用骆驼，一套流体动力模拟的套件进行了全面研究，反馈处方的差异很大。我们使用两个机器学习工具（随机森林和符号回归）的组合来搜索$ y-m $关系的类似物，这对低质量的反馈过程（$ m \ sillesim 10^{14} \，h^， {-1} \，m_ \ odot $）;我们发现，仅替换$ y \ rightarrow y（1+m _*/m_ \ mathrm {gas}）$在关系中使其非常相似。这可以用作低质量簇和星系组的强大多波长质量代理。我们的方法通常对于提高其他天体分级关系的有效性领域通常也很有用。我们还预测，$ y-m $关系的测量值可以在反馈参数的某些组合和/或排除超级新闻和AGN反馈模型的主要部分，以提供百分比的约束。艺术流体动力模拟。我们的结果对于使用即将进行的SZ调查（例如SO，CMB-S4）和Galaxy Surveys（例如Desi和Rubin）来限制Baryonic反馈的性质。最后，我们发现，$ y-m _*$的另一种关系提供了有关反馈的补充信息，而不是$ y-m $。

骨肉瘤是最常见的原发性骨癌，其标准治疗包括术前化疗，然后切除。化学疗法反应用于预测患者的预后和进一步治疗。坏死在切除标本上的组织学幻灯片通常评估了坏死比定义为坏死肿瘤与总体肿瘤之比。已知坏死比> = 90％的患者的预后更好。多个载玻片对坏死比的手动微观综述是半定量性的，并且可能具有观察者间和观察者间的变异性。我们提出了一种基于目标和可再现的深度学习方法，以估计坏死比，并从扫描的苏木精和曙红全幻灯片图像预测结果。我们以3134个WSI的速度收集了103例骨肉瘤病例，以训练我们的深度学习模型，验证坏死比评估并评估结果预测。我们训练了深层多磁化网络，以分割多个组织亚型，包括生存的肿瘤和像素级中的坏死肿瘤，并计算来自多个WSI的病例级坏死比。我们显示了通过分割模型估算的坏死比，高度与由专家手动评估的病理报告中的坏死比高度相关，其中IV级的平均绝对差异（100％），III（> = 90％）和II（> = 50％和<50％和< 90％）坏死反应分别为4.4％，4.5％和17.8％。我们成功地对患者进行了分层，以预测P = 10^-6的总生存率，而P = 0.012的无进展生存率。我们没有可变性的可重现方法使我们能够调整截止阈值，特别是用于模型和数据集的截止阈值，为OS的80％，PFS为60％。我们的研究表明，深度学习可以支持病理学家作为一种客观的工具，可以分析组织学中骨肉瘤，以评估治疗反应并预测患者结果。

唇裂是一种先天性异常，需要专家手术修复。外科医生必须具有丰富的经验和理论知识才能进行手术，并且已经提出了人工智能（AI）方法来指导外科医生改善手术结局。如果可以使用AI来预测修复的唇唇的外观，那么外科医生可以将其用作辅助手术技术来调整其手术技术并改善结果。为了在保护患者隐私时探索这个想法的可行性，我们提出了一种基于深度学习的图像镶嵌方法，该方法能够覆盖唇裂，并产生唇彩，而无需裂缝。我们的实验是在两个现实世界中的裂口数据集上进行的，并由专家cleft唇外科医生评估，以证明该方法的可行性。

基于仿真的推理（SBI）正在迅速将自己确立为一种标准的机器学习技术，用于分析宇宙学调查中的数据。尽管通过学习模型对密度估计的质量持续改进，但这种技术对真实数据的应用完全依赖于远远超出培训分布的神经网络的概括能力，这主要是不受限制的。由于科学家创建的模拟的不完美，以及产生所有可能参数组合的巨大计算费用，因此，宇宙学中的SBI方法很容易受到此类概括性问题的影响。在这里，我们讨论了这两个问题的效果，并展示如何使用贝叶斯神经网络框架进行训练SBI可以减轻偏见，并在培训集外产生更可靠的推理。我们介绍了CosmosWag，这是平均随机重量的首次应用，并将其应用于经过训练的SBI，以推断宇宙微波背景。

肺癌是全球癌症死亡的主要原因，肺腺癌是最普遍的肺癌形式。 EGFR阳性肺腺癌已被证明对TKI治疗的反应率很高，这是肺癌分子测试的基本性质。尽管目前的指南考虑必要测试，但很大一部分患者并未常规化，导致数百万的人未接受最佳治疗肺癌。测序是EGFR突变分子测试的黄金标准，但是结果可能需要数周的时间才能回来，这在时间限制的情况下并不理想。能够快速，便宜地检测EGFR突变的替代筛查工具的开发，同时保存组织以进行测序可以帮助减少受比较治疗的患者的数量。我们提出了一种多模式方法，该方法将病理图像和临床变量整合在一起，以预测EGFR突变状态，迄今为止最大的临床队列中的AUC为84％。这样的计算模型可以以很少的额外成本进行大部分部署。它的临床应用可以减少中国接受亚最佳治疗的患者数量53.1％，在美国将高达96.6％的患者减少96.6％。

我们建议在散射转换网络（STN）中使用广义的摩尔斯小波（GMW），而不是常用的莫雷特（或Gabor）小波，我们称之为GMW-STN，用于信号分类问题。GMWS形成了真正分析波的参数化家族，而Morlet小波仅近似分析。STN中潜在小波过滤器的分析性对于非组织振荡信号（例如音乐信号）尤为重要，因为它通过提供多尺度振幅和相位（以及导致输入信号的频率）信息来提高STN表示的可解释性。我们使用所谓的GTZAN数据库证明了GMW-STN比传统STN的优越性。此外，我们通过将其层数增加到典型的两层STN的三层，以显示GMW-STN的性能提高。}

我们为宇宙结构形成构建了一个场级模拟器，该模拟器在非线性方案中是准确的。我们的仿真器由两个卷积神经网络组成，这些神经网络训练有素，可根据其线性输入输出N体模拟粒子的非线性位移和速度。宇宙学的依赖性是在神经网络的每一层上以样式参数的形式编码的，从而使模拟器能够有效地插入了在广泛的背景问题范围内，不同扁平$ \ lambda $ cdm宇宙之间的结构形成结果。神经网络体系结构使模型可通过构造来区分，从而为快速场水平推断提供了强大的工具。我们通过考虑几个摘要统计数据，包括具有和不带红移空间扭曲的密度谱，位移功率谱，动量功率谱，密度双光谱，光晕丰度以及带有红移空间的光晕概况，并没有红移空间，我们可以测试方法的准确性。扭曲。我们将模拟器中的这些统计数据与完整的N体结果，可乐方法和没有宇宙学依赖性的基准神经网络进行了比较。我们发现我们的仿真器将准确的结果降至$ k \ sim 1 \ \ mathrm {mpc}^{ - 1} \，h $，代表对COLA和基金神经网络的可观改进。我们还证明，我们的模拟器很好地概括到包含原始非高斯性的初始条件，而无需任何其他样式参数或再培训。

我们训练一个神经网络模型，以预测宇宙N体模拟的全相空间演化。它的成功表明，神经网络模型正在准确地近似绿色的功能扩展，该功能将模拟的初始条件与其在深层非线性方向上的后期结合到结果。我们通过评估其在具有已知精确解决方案或充分理解扩展的简单情况下的良好理解的简单案例上的表现来测试这种近似值的准确性。这些场景包括球形构型，隔离平面波和两个相互作用的平面波：与用于训练的高斯随机场有很大不同的初始条件。我们发现我们的模型可以很好地推广到这些良好理解的方案，这表明网络已经推断了一般的物理原理，并从复杂的随机高斯训练数据中学习了非线性模式耦合。这些测试还为查找模型的优势和劣势以及确定改进模型的策略提供了有用的诊断。我们还测试了仅包含横向模式的初始条件，该模式的模式不仅在其相位上有所不同，而且还与训练集中使用的纵向生长模式相比。当网络遇到与训练集正交的这些初始条件时，该模型将完全失败。除了这些简单的配置外，我们还评估了模型对N体模拟的标准初始条件的密度，位移和动量功率谱的预测。我们将这些摘要统计数据与N体结果和称为COLA的近似快速模拟方法进行了比较。我们的模型在$ k \ sim 1 \ \ mathrm {mpc}^{ - 1} \，h $的非线性尺度上达到百分比精度，代表了对COLA的显着改进。

生成时间连贯的高保真视频是生成建模研究中的重要里程碑。我们通过提出一个视频生成的扩散模型来取得这一里程碑的进步，该模型显示出非常有希望的初始结果。我们的模型是标准图像扩散体系结构的自然扩展，它可以从图像和视频数据中共同训练，我们发现这可以减少Minibatch梯度的方差并加快优化。为了生成长而更高的分辨率视频，我们引入了一种新的条件抽样技术，用于空间和时间视频扩展，该技术的性能比以前提出的方法更好。我们介绍了大型文本条件的视频生成任务，以及最新的结果，以实现视频预测和无条件视频生成的确定基准。可从https://video-diffusion.github.io/获得补充材料